Novo método computacional da UP permite detetar DNA que “foge” à dupla hélice

A metodologia, com aplicações na biotecnologia e na terapia em doenças humanas, permite prever estruturas de DNA que não seguem a sua conformação habitual em dupla hélice.

Algumas técnicas experimentais já permitem detetar estas estruturas de DNA, chamadas não canónicas, mas implicam custos que limitam muitas vezes uma estudo mais cuidada de todas as possíveis conformações.

Foi a pensar nisso que uma equipa de investigação a que pertence o investigador João Carneiro, do Meio Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental da Universidade do Porto (CIIMAR-UP), desenvolveu uma metodologia que permite uma estudo computacional destas conformações, com potencial para ser usada em diferentes áreas, incluindo a biotecnologia e a terapia.

Esta estudo pode permitir, por exemplo o desenvolvimento de pequenas moléculas de DNA que têm potencial de relação a diferentes alvos moleculares (por exemplo proteínas).

Estas moléculas de DNA, os aptâmeros, podem depois ser desenvolvidas através de técnicas laboratoriais e utilizadas com intuito de “neutralizar” neurotoxinas ou mesmo células cancerígenas, o que representa uma superfície de manifesta relevância terapia.

O trabalho resulta das primeiras análises do projeto “Understanding non-B mtDNA conformations using molecular dynamics simulations“, sancionado levante ano no concurso de projetos de computação avançada organizado pela FCT.

“A teoria surgiu durante o meu doutoramento e acabei por nunca a olvidar porque acreditava no seu potencial para emprego nas áreas da biotecnologia e terapia de doenças humanas”,  explicae João Carneiro.

O investigador salienta que estes resultados só foram possíveis com a colaboração do grupo de investigação de superioridade BioSIM, sediado na FMUP, que faz secção do laboratório associado UCIBIO / REQUIMTE) coordenado por Sérgio Sousa, e da colaboração da investigadora Luísa Azevedo, do Instituto de Investigação e Inovação em Saúde da UPorto (i3S).

“Espero que esta publicação abra caminho para atingir os objetivos subjacentes às linhas da minha investigação no CIIMAR”, acrescenta o investigador do CIIMAR.

O trabalho foi apresentado num cláusula publicado levante mês na revista Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – General Subjects.

De negócio com André Pina, estudante de doutoramento no grupo BioSIM, e um dos autores do estudo, “foi muito gratificante fazer secção desta colaboração que nos permitiu, através de métodos computacionais, elucidar a estrutura tridimensional de algumas destas conformações de DNA não-B”.

“Isto abre portas para o estudo de novas estruturas com potencial terapêutico”, acrescenta o investigador.